| 1999年 | 11月 | 東京都港区北青山に準備オフィスを設立 |
| 2000年 | 5月 | 本社を東京都渋谷区千駄ヶ谷にて、ITコンサルティング(情報システム企画・設計・技術サポート)事業、ソフトウェア開発事業を開始 |
| 6月 | 教育サービス事業を開始 | |
| 2001年 | 1月 | 東京都新宿区四谷にオフィスを移転 |
| 2002年 | 2月 | エンジニアリングソリューション事業部、ビジネスソリューション事業部、教育ソリューション事業部の3事業部体制に移行 |
| 9月 | 「豆蔵プロセス」リリース（現在は「豆蔵Way（技術ナレッジ）」と呼称変更。） | |
| 2004年 | 4月 | 東京都新宿区西新宿にオフィスを移転 |
| 11月 | 東京証券取引所マザーズ市場に株式上場 | |
| 2006年 | 7月 | IT戦略支援事業部を設立し、企業内部統制に関するコンサルティングサービスを開始 |
| 10月 | 会社分割により株式会社豆蔵は、持株会社である株式会社豆蔵OSホールディングスへ移行し、事業会社として新生株式会社豆蔵となる | |
| 10月 | アジャイル導入支援の提供開始 | |
| 2013年 | 7月 | ロボット開発支援のサービス開始 |
| 親会社の株式会社豆蔵ホールディングスが上場市場を東京証券取引所マザーズ市場から東京証券取引所市場第一部に変更 | ||
| 2018年 | 2月 | 対話型AIエンジン「MZbot」の提供開始 |
| 2019年 | 4月 | IT戦略支援事業部をデジタル戦略支援事業部に組織改編し、企業のデジタル戦略支援体制を強化 |
| 8月 | 立教大学大学院人工知能科学研究科と人工知能分野の人材育成および産学連携教育の推進を目的とした連携を開始 | |
| 2020年 | 6月 | 親会社の株式会社豆蔵ホールディングスが6月2日に東証第一部 上場廃止 |
| 2021年 | 1月 | レーザ溶接ロボットシステムの提供開始 |
| 4月 | 豆蔵ホールディングス再編に伴い、豆蔵デジタルホールディングスの100％子会社となる | |
| 2022年 | 9月 | クラウドに関するコンサルティングサービスの強化、AWS パートナーに認定（サービスパス：2022年9月、内製化支援推進AWSパートナー：2023年3月、トレーニングパス：2022年3月） |
| 7月 | 生成AIに関するコンサルティングサービス開始 | |
| 9月 | グループ会社合併に伴い消滅（存続会社となる株式会社豆蔵デジタルホールディングスを株式会社豆蔵に社名変更） |
2025年9月以前の旧グループ会社の沿革については、こちらを御覧ください。